アップルコンピュータは、「iTunes」以外のソフトでエンコードしたAACファイルが「iPod shuffle」で再生できないことがあると発表した。 そのため同社は、iPod shuffleでAACファイルを再生する場合は、必ずiTunesでエンコードするように呼びかけている。また「iTunes Music Store」で購入した曲については、この不具合は発生しない。 なお該当するファイルがあっても、次の曲にスキップするため、iPod shuffleがフリーズなどの問題は発生しない。