連盟は当初、無観客でも開催を前提に準備をしていること明かしていたが11日に開かれた大会臨時運営委員会で中止を決定。連盟は「甲子園の舞台を待ち望んでいた32校の選手たちはもちろん、選手を支えてこられた学校関係者やご家族の皆様のお気持ちを考えると、誠に心苦しい思いですが、選手たちの安全を最優先に考えたうえでの結論」と理解を求め、「全国の高校野球ファンの皆様にもご理解いただき、次の夢に向かって歩み出す32校の選手たちにどうか温かいご声援を送っていただきますよう、お願い申し上げます」と呼びかけた。
発表にネット上には「やってほしかった」「めちゃくちゃ楽しみにしてたから悲しい!!!」「風通しの良い場所なんだから、無観客でやればイイのに」など開催中止を残念がるコメントが殺到。しかし、その一方で判断を“妥当”とする意見も多く、「今の現状を考えると当然とも言える判断」「むしろなぜここまで引っ張ったのかが謎」といった書き込みも多数見られた。
また、選手側の気持ちを想像し「無観客ででもやりたかったやろうな」「なんとも気の毒な……」「センバツ中止は高校球児達ほんとにかわいそう」「選手のことを思うと本当に涙が出ますね……」と漏らすコメントや、「センバツ出場校にはなんらかの救済措置があって欲しい」「センバツ出場校も加えた大トーナメントの夏大会にしてほしいなー」など大会に向けて努力してきた球児への救済措置を求める声も寄せられている。
