同舞台で脚本・作詞を担当するのは、石丸さち子。演出は、東宝演劇部所属の落石明憲がつとめ、映像演出はムーチョ村松が続投。最後の敵との戦い、そしてメーテルとの別れを軸に、オリジナルストーリーを交えて新たな展開が描かれる。
主演・星野鉄郎役の中川晃教ほか、クイーン・エメラルダス役の凰稀かなめ、リューズ役の矢沢洋子、クレア役の美山加恋、車掌役のお宮の松、そしてキャプテン・ハーロック役の平方元基は、2018年版に引き続き出演。メーテル役は木下晴香と伊波杏樹がダブルキャスト、前山剛久が機械伯爵役を演じる。また、2018年版アンタレス役の塚原大助がドクター・バンの声を担当し、プロメシューム役は浅野温子が特別出演を果たす。
今回、特別出演が決まった浅野は、現在の心境について「ささきいさおさんが歌ってた、大好きな銀河鉄道 999 の舞台に出られて大変嬉しいです」と喜びのコメント。また、主演をつとめる中川は「星野鉄郎がプロメシュームを目の前にしたとき、メーテルとエメラルダス、そして鉄郎の母、それぞれの悲しみが、鉄郎を通じて、見る人たちすべての心に訴えかけられます。鉄郎があなたと重なるとき、鉄郎の歌が、この物語に生きる全てのものの魂となって、劇場を999の世界へと誘います。どうぞ、まだ続く銀河鉄道の旅をお楽しみに、ぜひ劇場でお待ちしています」と呼びかけている。
「銀河鉄道999 劇場版公開40周年記念作品 舞台『銀河鉄道999』さよならメーテル～僕の永遠」は、2019年4月に東京・明治座、5月に大阪・梅田芸術劇場メインホールにて上演。
